Het is niet mogelijk de ongevoeligheid voor APC (APC-resistentie) ongedaan te maken of het gehalte aan proteïne S, proteïne C of antitrombine te laten stijgen of het gehalte aan factor VIII, factor IX of factor XI te laten dalen met medicijnen.

Wanneer iemand trombose krijgt zal hij of zij eerst met heparine worden behandeld. Dit kan afhankelijk van de situatie in het ziekenhuis met een infuus of met injecties. Sinds enige tijd bestaat ook de mogelijkheid om thuisbehandeling met heparine toe te passen. Tegelijk met de heparine wordt gestart met antistollingstabletten (Marcoumar, Sintrom mitis). Bij gebruik van deze middelen is regelmatige controle door de trombosedienst noodzakelijk. De behandeling van trombose bij iemand met trombofilie is hetzelfde als bij iemand zonder een dergelijke afwijking. Wat wel kan verschillen is de duur van de behandeling met de antistollingstabletten. Dit kan 3 tot 6 maanden zijn, maar in sommige gevallen kan besloten worden om langer door te gaan met de antistollingsbehandeling. Soms kan dit zelfs levenslang zijn, bijvoorbeeld als de trombose bij herhaling is opgetreden.

Mensen met trombofilie wordt aangeraden om in risicosituaties voor trombose (zie onder “klachten”) uit voorzorg (profylactisch) antistollingsmedicijnen te gebruiken, meestal gedurende 6 weken. Als de risicosituatie achter de rug is, kan met deze medicijnen worden gestopt.