Dit wordt intraveneus gegeven en moet via een continu infuus gezien de korte halfwaardetijd: na 2-3 uren is de helft van het medicijn verdwenen. Dit betekent dat het een behandeling is die in het ziekenhuis moet worden gegeven. Het kan ook subcutaan (onderhuids) worden gegeven maar dit wordt tegenwoordig nog weinig gedaan.

Deze ongefractioneerde heparine bestaat uit een hoop heparineketens van verschillende lengtes, het merendeel lange ketens. De samenstelling is wisselend en daardoor is het effect ook wisselend. De lange ketens blijven gemakkelijk vasthangen aan de wand van de bloedvaten of andere eiwitten die in het bloed circuleren waardoor het effect ook minder voorspelbaar wordt. Het effect van heparine is afhankelijk van de aanwezigheid van Antithrombine III en ook dit kan schommelen. Dit betekent dat een behandeling met IV heparine goed gevolgd moet worden via het prikken van stollingstesten (APTT), en dat de dosis vaak moet worden aangepast om deze APTT binnen de gewenste grenzen te houden.
Het voordeel van de IV heparine is dat bij bloedingsproblemen het effect vlug onderbroken kan worden door de toediening stop te zetten. Door Protamine toe te dienen kan het effect onmiddellijk teniet worden gedaan.