Gebruik van de anticonceptiepil vergroot de kans op trombose enigermate. Gebruik van de anticonceptiepil door vrouwen met APC-resistentie doet het risico op trombose nog verder toenemen. Hoewel dat voor de andere oorzaken van trombofilie niet echt is bewezen wordt er van uit gegaan dat ook dan het risico op trombose bij pilgebruik extra verhoogd is.
Daarom heeft bij een vrouw met trombofilie een andere vorm van anticonceptie dan de pil de voorkeur. Dit geldt met name voor vrouwen die al eens een trombose doorgemaakt hebben of die de mutatie voor APC-resistentie dubbel dragen (homozygoot). Vrouwen met een stollingsafwijking die geen trombose hebben gehad en de anticonceptiepil willen gaan gebruiken, moeten de voor- en nadelen goed afwegen. Voor het nemen van een verantwoorde beslissing is het in alle bovengenoemde situaties verstandig te overleggen met de huisarts of de gynaecoloog. Het risico op trombose is bovendien tweemaal groter bij gebruik van de zogenoemde 3e generatiepil in vergelijking tot de 2e generatiepil. De 3e generatiepil bevat de stoffen gestodeen, desogestrel of norgestimaat. Deze kan daarom beter niet worden gebruikt.
Zolang een vrouw echter antistolling gebruikt (Marcoumar, Sintrom mitis), heeft pilgebruik juist wel de voorkeur. De antistollingsbehandeling met Marcoumar of Sintrom mitis biedt voldoende bescherming tegen trombose en de pil is dan nodig om een zwangerschap tijdens gebruik van orale antistolling te voorkomen.